邱太三表示，首先，维护台海和平安全跟稳定，是两岸双方应该要有共同的责任，第二，两岸要有比较良好的互动，「一个巴掌拍不响」，势必双方都要有这样的意愿。他说，期待对岸能改变思维，不要强加政治框架，「这样我相信气氛会变得很好」。
对于蓝营认为，邱太三的说法，是向前领导人马英九的主张靠近，邱太三受访时说，他的主张跟马英九不太一样，国民党在大陆应该要大胆的坚持中华民国的主权，而不是互不承认主权。
邱太三后续补充，「过去国民党马英九的说法是『互不承认主权、互不否认治权』已不足，应『互相承认主权』。」
邱太三23、24日连续两日赴立法院报告并备询。23日被问及未来要用「中华民国」还是「台独」体系经营两岸关系时，邱太三说，国际社会、台湾内部或美国、中国大陆，对台独的基本定义都不一样。
他反问，「维护中华民国主权独立、维护台湾民主自由，这算不算台独？」他认为，以台湾多数共识，「如果维护中华民国主权不是台独的话，在未来我们跟大陆协商时，会是一个比较好的基本条件」。
国台办批夹带“两国论”私货
据法广报道，大陆国台办发言人朱凤莲当天回应说，民进党把海峡两岸由于内战延续的政治对立特殊状态，歪曲为「两国论」和「一边一国」。但无论变换何种说词，要害都是图谋否定两岸同属一个中国事实，破坏中国主权和领土完整。
过了一个星期，3月30日，大陆国台办发言人朱凤莲再度回应邱太三「两岸应互相承认主权」的说法。
她说，民进党一些政客出于政治本性和一党私利，肆意颠倒黑白、混淆是非，妄图进一步升级「两国论」，是赤裸裸的挑衅和冒进。
她还说，正告民进党当局，不要误判形势、打错算盘，更不要低估北京当局捍卫国家主权和领土完整的坚强决心、坚定意志和强大能力。
国台办发言人马晓光13日指出，“九二共识”是两岸有关方面授权商谈达成的，陆委会就是“共识”的授权单位。今天，陆委会昨是今非，拼命为民进党当局歪曲诬蔑“九二共识”而卖力表演，把它说成是“单方面设定的政治架构”，不知他们脸红不红，心虚不虚。
对于国台办这番强硬谈话，30日晚上，台湾陆委会也立即回应说，中华民国是主权国家，台湾从来不是中华人民共和国的一部分，这是2300万台湾人民的坚持，绝无妥协空间。
陆委会称，中共国台办以错误的两岸定位、胁迫粗暴的言论与行径面对两岸政治分歧，只会凸显其不愿认清两岸现实、不尊重台湾人民及借口侵犯台湾的事实，陆委会表达坚决反对。
另外，台湾驻美代表萧美琴日前投书美国华盛顿邮报，提到台湾在任何时候都不是中华人民共和国的一部分；联电荣誉董事长曹兴诚最近也主张，保卫中华民国需要「两国论」。
国台办对此更是强烈抨击说，某些人鼓吹「两国论」，只能证明他们是数典忘祖的跳梁小丑。
学者：恐已触及大陆红线
对于两岸如何重启协商，陆委会主委邱太三24日表示，应「互相承认主权」。淡江大学战略所副教授黄介正认为，这已触及大陆红线，可能会抵消先前释出的善意。台湾智库咨询委员董立文说，若不互出恶言，两岸沟通之门永远是存在的，「只能说大家都正处于努力追求交集的过程中」。
据联合新闻网报道，黄介正受访表示，海峡两岸断线已久，邱太三先前讲话让人有所期待，是不是释出善意？但今天说明后，又回到原点，因为两岸「互相承认主权」，是中国大陆明确的红线。
但黄介正也提到，大陆国台办态度强硬，因此「陆委会也硬起来」是可以理解的，只是相关言论对于两岸关系的改善并无帮助，反而有点抵销了善意，让期待再度落空。
董立文分析，马英九的主张，比起邱太三来说的确差了一大段距离。因为就谈判来说，如果把主权、治权拆开来谈，就已经是主动让步了，中共可以顺势「不必去面对中华民国存在的事实」，所以邱太三才提出要「互相承认主权」。他还说，中共如今在「九二共识」后，附加上了推进统一、一国两制，要如何面对这个连环套，是值得深思的问题。
那么未来两岸应如何重启谈判？董立文说，两岸的沟通之门是永远存在的，在这个过程中，只要能互不出恶言，大门永远是有可能、敞开的，「只能说大家都正处于努力追求交集的过程中」。
政治大学国际关系研究中心兼任研究员严震生受访时指出，由于两岸现在根本没有在谈，民进党应该先回应「九二共识」，然后才谈主权、治权的问题。
严震生说，他一直认为「九二共识」并非铁板一块，尽管绿营认为「九二共识」变质了，但不应该否定它的存在。他表示，「九二共识」是过去国民党执政时与对岸的谈判基础，现在民进党上台，「你要透过这东西进门，才能谈出新的」，再去寻求新想法、新共识，「如果进门谈，谈不成是对岸的问题」。
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